银成学园表面平静，暗地里却潜伏着由邪恶炼金术士制造的人造生命体“赫姆克鲁斯”，它们以袭击人类为生。普通高中生武藤和树在一次意外中，为救陌生少女津村斗贵子而丧命。斗贵子真实身份是与怪物作战的炼金战士，她用特殊的“核铁”替代和树的心脏，使他奇迹般复活。重获新生的和树因此获得了发动“武装炼金”的力量，被卷入常人无法窥见的战斗世界。为了守护身边的人，也为了对抗不断逼近的赫姆克鲁斯与其背后的炼金术士，和树与斗贵子并肩作战，在一次次生死交锋中成长，逐渐揭开力量与命运背后的真相。作品融合校园、战斗与热血元素，也穿插了伙伴情谊与青涩情感。