第二季承接前作结尾，失去依靠的波德莱尔三姐弟继续在大人世界的冷漠与谎言中辗转求生。银行家坡先生将他们安置到普鲁弗洛克预备学校，等待新的监护人出现。看似安全的校园很快暗藏恶意，古怪同学、失职的大人和接连不断的误会，让三姐弟再度陷入困境。与此同时，阴魂不散的欧拉夫伯爵又以全新伪装潜入他们身边，继续图谋家产。随着线索逐渐增多，孩子们不仅要拆穿骗局、躲避追捕，也开始接近家族秘密与一连串不幸事件背后的真相。