1999年，数码世界出现异常，现实世界也接连发生怪异气候变化。一次夏令营中，八神太一、石田大和、武之内空、泉光子郎、太刀川美美、城户丈和高石武等七名孩子，意外被传送到神秘的数码世界。在那里，他们遇到了各自的搭档数码兽，并在一次次险境中逐渐理解“进化”的意义。面对凶恶怪兽和不断逼近的危机，孩子们必须学会信任伙伴、彼此协作，才能找到回到现实世界的方法，也揭开数码世界与人类世界之间隐藏的秘密。