在科技高度发达的学园都市里，拥有强大电击能力的“超电磁炮”御坂美琴，和白井黑子、初春饰利、佐天泪子等伙伴一起，继续面对接连不断的异常事件。随着各种看似零散的事件浮现，学园都市表面的秩序开始松动，更深层的阴谋也逐渐显露。美琴一边追查真相，一边与新的敌人与未知势力周旋，在战斗、友情与信念的碰撞中，直面属于自己的危机与成长。