在被“锈风”不断侵蚀的末世日本，街道、武器乃至生命都会被迅速锈蚀，幸存者们在恐惧中艰难求生。被世人厌弃的“菌师”少年赤星毕斯科，为了拯救濒死的师父，踏上寻找能净化一切锈迹的灵药蘑菇“食锈”的旅途。途中，他遇见了美貌却冷静的少年医生猫柳米罗，对方也正为被锈病折磨的姐姐寻找治疗办法。两人各怀目的，却都背负着必须守护之人的希望，于是结伴前往危机四伏的日本各地，在怪异生物、武装势力与腐蚀灾厄之间不断前行，逐步揭开“锈”蔓延的真相，并在冒险中建立起深厚羁绊。