兵藤一诚与莉雅丝率领的超自然研究部，表面上继续着热闹又暧昧的校园日常，实际上却在为新的排名游戏和修学旅行做准备。来到京都后，众人原本期待轻松观光，却很快被卷入当地妖怪势力与“祸之团”之间的冲突。面对复杂的神话阵营、不断升级的危机，以及伙伴们接连遭遇的考验，一诚不得不再次突破自身极限，探索赤龙帝力量的全新可能。为了守护莉雅丝、同伴与京都的安宁，这场修学旅行也逐渐演变成一场真正的战斗。